Navzdory běžné řadové čtyřválcové konfiguraci je motor modelu Ninja H2 skutečným unikátem nabitým technologiemi, vyvinutými speciálně pro přeplňované agregáty. Aby zvládal vysoký tlak vzduchu z kompresoru a byla zajištěna jeho spolehlivost i při výkonu přes 300 koní, kterého dosahuje v modelu Ninja H2R, byl každý jeho díl navržen tak, aby vydržel 1,5x až 2x větší namáhání než u atmosféricky plněného čtyřválce. S výjimkou vačkových hřídelí, těsnění pod hlavou a spojky je motor identický jako v modelu Ninja H2R.