Vodou chlazený motor, DOHC 16 ventil, 1.043 cm3 čtyřválec v řadě 77,0 x 56.0 mm má skvělý zátah v nízkých a středních otáčkách. Maximální výkon i točivý moment jsou v nižších otáčkách než na Z1000 ze které motor vychází.
Řídící jednotka je naprogramována tak, aby byl nárůst výkonu lineární a reakce na plyn byla rychlá a zároveň hedvábně hladká. Tyto vlastnosti pomáhají usnadnit kontrolu nad strojem zejména v nižších otáčkách motoru nebo při ubírání plynu, ale i při sportovní jízdě.
Flexibilní charakter motoru znamená, že Versys 1000 bude stejně zábavný a příjemný na cestování např. v nižších otáčkách, ale i při agresivní jízdě v druhé polovině rozsahu otáček motoru.